O Santo Ofício foi fundado pelo Papa Paulo III em 21 de julho de 1542 com a justificativa de “combater a heresia”. Tem suas raízes em um tribunal romano chamado a “Inquisição Romana”, fundado por Inocêncio III no século XIII, para confrontar os albigenses. 

No século XVI, devido aos avanços do protestantismo, Paulo III reorganizou a Inquisição Romana fazendo dela o supremo tribunal doutrinário para todo o mundo. O Santo Ofício teve seu nome mudado em 1966 por Congregação para a Doutrina da Fé.

Quem fosse condenado pelo Santo Ofício era muitas vezes responsabilizado por uma “crise da fé”, pestes, terremotos, doenças e miséria social, sendo entregue às autoridades do Estado, para que fosse punido. 

As penas variavam desde confisco de bens e perda de liberdade, até a pena de morte, muitas vezes na fogueira. Seu significado era basicamente religioso, simbolizava a purificação, configurando a ideia de desobediência a Deus e ilustrando a imagem do Inferno.

Fortemente influenciada pelo poder civil, a Inquisição tornou-se, por vezes, um meio de desembaraçar-se de inimigos políticos indesejáveis e foi culpada de crueldades e torturas que hoje são vigorosamente repudiadas. Foi anulada, ou ab-rogada, em 1835.

A Inquisição Medieval desenvolveu-se como instituição nas primeiras décadas do século XIII, quando foram constituídos tribunais eclesiásticos para julgar os albigenses. De acordo com os decretos do Concílio Francês (1229) em cada paróquia devia se instalar um tribunal eclesiástico presidido por um legado de Gregório IX e constituído de um sacerdote e dois leigos.

Estes tribunais foram substituídos pela Inquisição Papal, instituída direta­mente por Gregório IX, confiada por ele aos dominicanos. Entre 1230 e 1235, Gregório IX enviou inquisidores a várias partes da Europa para julgar casos de suspeita de heresia. Estes juízes constituíram a Inquisição Medieval. Embora nomeados pela Santa Sé, só era permitido aos inquisidores trabalhar com a cooperação do bispo diocesano.

Quando um acusado de heresia era levado ante a Inquisição, a confissão e o arrependimento davam como resultado apenas um castigo simbólico. Porém, se o acusado se obstinava em sua heresia, era entregue às autoridades seculares, pois o estado considerava a heresia uma traição à pátria. Ao réu era negada a defesa, permitia-se o testemunho de hereges e excomungados contra eles e se usava muitas vezes torturas cruéis para arrancar confissões.

Inquisição espanhola 

Uma variante da Inquisição Medieval foi a Inquisição Espanhola fundada pelos Reis Católicos em 1478, que julgavam a uniformidade religiosa desejável e útil ao Estado. Exerceram grande pressão sobre judeus e mouros para que se convertessem ao cristianismo. 

Para evitar a expulsão do país, muitos cederam. Diante de incontáveis denúncias, fundamentadas amiúde em questiúnculas pessoais, os reis criaram a Inquisição para examinar a sinceridade das convicções cristãs de suspeitos hereges.

Os principais inquisidores eram sempre clérigos aprovados pela Igreja. Judeus e mouros convertidos chamados cristãos novos ou marranos despertavam mais facilmente a suspeita de ter recaído na heresia. Eram logo denunciados à Inquisição, julgados e punidos. Outros crimes além de heresia estavam sob a jurisdição deste tribunal.